知网查重将脚注标红的主要原因是为了突出引用内容，方便查重系统识别和比对。在学术论文写作中，脚注通常用于标注引用来源，对于查重系统来说，标红脚注可以减少漏检的可能性，提高查重的准确性。此外，标红脚注还能让审稿人或读者更快速地定位到引用部分，提高阅读效率。

另外，知网查重将脚注标红还可以帮助作者自我审查论文的引用部分是否完整和准确。通过标红脚注，作者可以清晰地看到自己引用的内容，确保引文格式正确，避免出现漏引、错引等问题。因此，标红脚注不仅符合学术规范，还有利于作者提升论文质量和通过查重的机会。